Minggu, 13 Desember 2015

Rekayasa Genetika



MATERI KULIAH BIOTEKNOLOGI PETERNAKAN
Oleh: Dr. Ir. Sutopo, M.Sc

Rekayasa Genetika

            Rekayasa genetika adalah gambaran dari bioteknologi yang di dalamnya meliputi manipulasi gen, kloning gen, DNA rekombinan, teknologi modifikasi genetik, dan genetika modern dengan menggunakan prosedur identifikasi, replikasi, modifikasi dan transfer materi genetik dari sel, jaringan, maupun organ. Sebagian besar teknik yang dilakukan adalah memanipulasi langsung DNA dengan orientasi pada ekspresi gen tertentu. Dalam skala yang lebih luas, rekayasa genetika melibatkan penanda atau marker yang sering disebut sebagai Marker-Assisted Selection (MAS) yang bertujuan meningkatkan efisiensi suatu organisme berdasarkan informasi fenotipnya. Salah satu dari aplikasi rekayasa genetika berupa manipulasi genom hewan. Hewan yang sering digunakan menjadi uji coba adalah mamalia. Mamalia memiliki ukuran genom yang lebih besar dan kompleks dibandingkan dengan virus, bakteri, dan tanaman. Sebagai konsekuensinya, untuk memodifikasi genetik dari hewan mamalia harus menggunakan teknik genetika molekular dan teknologi rekombinasi DNA yang memiliki tingkat kerumitan yang kompleks dan mahalnya biaya yang diperlukan dalam penelitian.
            Beberapa metode yang sering digunakan dalam teknik rekayasa genetika meliputi pengunaan vektor, kloning, PCR (Polymerase Chain Reaction), dan seleksi, screening serta analisis rekombinan. Adapun langkah-langkah dari rekombinasi genetik meliputi:
 (1) Identifikasi gen yang diharapkan;
(2) Pengenalan kode DNA terhadap gen yang diharapkan;
(3) Pengaturan ekpresi gen yang sudah direkayasa; dan
(4) Pemantauan transmisi gen terhadap keturunannya.
            Memodifikasi materi genetik hewan telah banyak dilakukan dengan tujuan memiliki berbagai macam manfaat yang bisa diambil, antara lain:
(1)    Bidang Sains dan Kedokteran  Hewan yang secara genetika sudah dimodifikasi atau dikenal dengan istilah Genetically Modified Animal (GMA) seperti pada hewan uji yakni mencit dapat digunakan untuk penelitian bagaimana fungsi yang ada pada hewan. Disamping itu juga digunakan untuk memahami dan mengembangkan perlakuan pada penyakit baik pada manusia mapun hewan.
(2)    Pengobatan Penyakit. Beberapa penelitian telah menggunakan protein pada manusia untuk mengobati penyakit tertentu dengan cara mentransfer gen manusia ke dalam gen hewan, misalnya domba atau sapi. Selanjutnya hewan tersebut akan menghasilkan susu yang memiliki protein dari gen manusia yang akan digunakan untuk penyembuhan pada manusia.
(3)     Modifikasi Hasil Produksi Hewan. Beberapa negara melakukan rekayasa genetik pada hewan ternak yang diharapkan akan menghasilkan hewan ternak yang cepat pertumbuhanya, tahan terhadap penyakit, bahkan menghasilkan protein atau susu yang sangat bermanfaat bagi manusia. Berikut ini ada beberapa penerapan Rekayasa Genetika pada beberapa jenis hewan.
           
A.    Chimera pada Domba untuk menghasilkan susu seperti manusia
Chimera merupakan fenomena langka. Definisi Chimera adalah individu yang memiliki lebih dari satu set populasi DNA yang berbeda satu sama lainnya dan berasal dari zygote yang berbeda. Secara garis besar, keanehan genetik ini bisa digolongkan menjadi dua; Mosaic dan Chimera. Fenomena ini sudah dikenal sejak tahun 1980, yang dijelaskan oleh de Grouchy bahwa Chimera adalah hasil dari gabungan dua zygote (hasil pembuahan dari dua sperma dan dua sel telur yang berbeda) menjadi satu embrio, sedangkan Mosaic adalah hasil dari kesalahan yang terjadi pada fase mitosis (post-zygotic) dalam satu embrio. fenomena Chimera akan sangat sulit kita lihat, kecuali terdapat kelainan yang sangat mencolok seperti hermaphrodite (individu berjenis kelamin ganda).
Ternak chimera dibentuk dengan cara meramu blastomer berbagai jenis ternak. Sel-sel dari beberapa embrio dapat digabungkan dalam suatu zona pelucida untuk menghasilkan seekor hewan yang merupakan kombinasi dari beberapa hewan yang telah digabung.Chimera memungkinkan embrio dari seekor hewan dititipkan pada hewan lain yang berlainan speciesnya. Dengan teknik chimera, maka embrio yang akan dititipkan tersebut telah dimanipulasi sel-selnya sehingga tidak dikenal sebagai embrio asing dan akhirnya akan dapat berkembang sampai lahir tanpa adanya penolakan (rejection) dari induk yang dititipi.
Ilmuwan baru-baru ini berkata bahwa chimera bukanlah barang baru. Tetapi akhir-akhir ini mulai dilirik lagi mengikuti semaraknya riset sel tunas embrionik (embryonic stem cell research). Sebab sepertinya tidak berbahaya dan malahan menguntungjan. Misalnya domba Dolly yang dichimera dengan harapan domba ini bisa menghasilkan susu manusia. Mereka sebebarnya menyelipkan gen ke dalam genetiknya supaya dihasilkan susu manusia supaya susu itu bisa diberikan kepada bayi-bayi prematur. Menurut para perisetnya domba-domba seperti ini akan diproduksi masal.Teknologi reproduksi pembentukan ternak chimera sangat bermanfaat bagi usaha meningkatkan populasi hewan-hewan yang hampir punah, baik secara kualitas maupun kuantitas. Dengan ternak chimera sangat memungkinkan untuk mengghasilkan ternak dengan karakteristik genetik dan performan yang dikehendaki secara besar-besaran.
B.      Produksi Ternak Sapi Transgenik sebagai Upaya Peningkatan Mutu Genetik Ternak Sapi
Transfer materi genetik dengan teknologi rekombinan DNA merupakan suatu metode penemuan baru untuk menghasilkan ternak transgenik. Ternak transgenic memperlihatkan bermacam-macam fenotipe baru melalui ekspresi molekul DNA eksogen. Ternak transgenik dihasilkan dengan injeksimikro gen ke dalam pronukleus sesaat setelah fertilisasi dan sebelum terjadi pembelahan pertama zigot, selanjutnya ditanam di dalam rahim induk pengganti. Transfdr gen (transgenik) artinya penyatuan stabil dari suatu gen dari spesies lain atau bangsa ternak lain dalam satu spesies, sehingga gen itu berfungsi pada ternak penerima dan diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Ternak transgenic adalah seekor ternak DNA keturunannya telah ditingkatkan melalui penambahan atau penggantian DNA dari sumber lain melalui rekombinan DNA.
Pada hewan menyusui, kelenjar mammae adalah target utama untuk teknologi transgenik ini. Laktoferin merupakan protein yang terdapat dalam air susu ibu merupakan bahan makanan bernutrisi bagi bayi. Laktoferin merupakan sumber zat besi dan protein terbaik dan juga mengakibatkan kekebalan alami terhadap penyakit.Produksi sapi transgenik sangat tergantung pada kualitas embrio satu sel yang akan di injeksi. Bila embrio diperoleh secara in vivo maka prosedur diawali dengan superovulasi ternak donor (untuk mendapatkan banyak embrio),koleksi zigot (embrio satu sel), mikro injeksi DNA pada embrio, kultur embrio sampai fase blastosis , ditransfer pada temak resipien dan diperoleh sapi transgenik .
            Metode yang dilakukan yaitu transfer gen melalui fibroblast fetus. Jika dibandingkan dengan prosedur mikroinjeksi pada pronukleus, maka metode ini memberikan hasil yang lebih maksimal terhadap ekspresi gen yang diinginkan karena screening gen dilakukan sebelum ditransfer pada oosit yang telah dienukleasi dan memungkinkan dilakukan kloning sehingga dapat meningkatkan jumlah keturunan transgenik. Pada metode injeksi inti permasalahan rendahnya teturunan transgenik (sekitar 4 – 5%) belum dapat diatasi karena indentifikasi dari gen yang terkandung pada keturunan transgenik dilakukan setelah dihasiikan anak dari ternak resipien, sedangkan pada metode transfer gen melalui inti somatik sel- sel fibroblastfetus, verifikasi dari gen yang berintegrasi dilakukan sebelum terjadi fusi sehingga sangat memungkinkan hanya gen-gen yang diinginkan yang akan mengalami fusi dan berkembang menjadi blastosit. Karena gen-gen yang diinginkan telah diverifikasi pada tahap awal maka ekspresi gen setelah fusi lebih optimal dan membuka peluang lain yaitu pembuatan kloning sebelum blastosit ditransfer pada ternak resipien sehingga baik secara kualitas dan kuantitatif keturunan ternak transgenik lebih meningkat.
C.    Kloning pada Kucing
            Kloning adalah tindakan menggandakan atau mendapatkan keturunan jasad hidup tanpa fertilisasi, yaitu dengan cara mengambil sel dari induk sehingga didapat keturunan yang mempunyai susunan (jumlah dan gen) yang sama dan kemungkinan besar mempunyai fenotib yang sama. Kloning bisa dilakukan pada berbagai jenis makhluk hidup termasuk manusia. Kloning manusia adalah teknik membuat keturunan dengan cara menggunakan sel tubuh selain sehingga hasil keturunanya mempunyai kode genetik yang sama dengan induknya.
            Di Amerika ada sebuah perusahaan bernama CSG yang mengkloning kucing peliharaan. Satu hal yang pasti dalam kloning adalah, banyak hasil kloning yang karakter fisik dan sifatnya berbeda jauh dengan induk kloningnya. Misalnya, ada kucing yang dikloning dari kucing hitam, tapi bisa saja dia bercorak kuning emas dengan kombinasi bulu putih dan hitam. Biasanya kucing punya kulit dasar yang sama dengan corak bulunya. Dan bisa juga, kucing yang asli punya sifat pendiam dan kalem, namun hasil kloningnya lebih ceria, aktif, dan bandel.Hasil kloning yaitu mempunyai gen yang sama dengan induknya. Kalau diumpamakan, jika diri kita dikloning maka akan ada dua orang kita di dunia ini yang sama. Mengapa bisa terjadi kucing hasil kloning yang benar-benar berbeda? Berikut ini dijelaskan proses pengkloningan.
            Untuk kloning kucing, pertama-tama dilakukan pengumpulan sel somatik. Lalu sel itu dikembangbiakkan secara khusus dan saat hampir membentuk bagian tubuh tertentu, nukleus atau inti sel diambil dari situ. Berikutnya, ambil nukleus dari ovum atau sel telur kucing lain. Lalu, nukleus yang sudah dikembangkan tadi ditanamkan pada ovum kucing lain itu. Proses ini disebut Inseminasi. Dan akhirnya, ovum ditanam ke rahim induk pengganti sampai akhirnya kucing hasil kloning lahir.Berarti bisa disimpulkan bahwa persamaan kucing induk dengan kloningnya hanya pada inti sel telurnya. Gen mahluk hidup memang terdapat dalam nukleus, namun disamping itu, setiap mahluk hidup mewarisi mitokondria dari induknya. Lalu walaupun nukleusnya sama seperti kucing induknya, ovumnya berasal dari kucing lain.Sel ovum juga membawa sifat gen asli kucing lain itu. Jadi kucing hasil kloning tersebut tidak akan benar-benar persis dengan kucing induknya. Jika dipermudah, hampir tidak ada bedanya dengan proses kelahiran alamiah.
            Rekayasa Genetika adalah manipulasi gen yang dilakukan untuk memenuhi kebutuhan yang diinginkan dengan cara kloning, DNA rekombinan, transgenic, chimera, inseminasi dll sesuai dengan tujuan untuk merekayasa hewan tersebut.Rekayasa genetika ini bermanfaat dalam Bidang Sains dan Kedokteran   Hewan, Pengobatan Penyakit, Modifikasi Hasil Produksi Hewan.
            Teknologi reproduksi terus berkembang untuk meningkatkan konsistensi dan keamanan produk dari ternak yang berharga secara genetik dan menyelamatkan spesies langka. Pada chimera dibentuk dengan cara meramu blastomer berbagai jenis ternak. Sel-sel dari beberapa embrio dapat digabungkan dalam suatu zona pelucida untuk menghasilkan seekor hewan yang merupakan kombinasi dari beberapa hewan yang telah digabung.Pada transgenik Ternak dihasilkan dengan injeksimikro gen ke dalam pronukleus sesaat setelah fertilisasi dan sebelum terjadi pembelahan pertama zigot, selanjutnya ditanam di dalam rahim induk pengganti. Transfer gen (transgenik) artinya penyatuan stabil dari suatu gen dari spesies lain atau bangsa ternak lain dalam satu spesies. Pada cloning kucing dilakukan dengan pengumpulan sel somatik. Lalu sel itu dikembangbiakkan secara khusus dan saat hampir membentuk bagian tubuh tertentu, nukleus atau inti sel diambil dari situ. Berikutnya, ambil nukleus dari ovum atau sel telur kucing lain. Lalu, nukleus yang sudah dikembangkan tadi ditanamkan pada ovum kucing lain itu.

Elektroforesis



MATERI KULIAH BIOTEKNOLOGI PETERNAKAN
Oleh: Dr. Ir. Sutopo, M.Sc

Elektroforesis
            Elektroforesis adalah gerakan partikel tersebar relatif terhadap cairan di bawah pengaruh medan listrik spasial seragam. Fenomena elektrokinetik ini diamati untuk pertama kalinya pada tahun 1807 oleh Ferdinand Frederic Reuss (Moscow State University), yang menyadari bahwa penerapan medan listrik konstan menyebabkan partikel tanah liat tersebar dalam buffer untuk bermigrasi. Hal ini adalah dasar untuk sejumlah teknik analisis yang digunakan dalam biokimia untuk memisahkan molekul berdasarkan ukuran, atau afinitas pengikatan.
            Metode standar yang digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA adalah elektroforesis gel agarose. Agarosa merupakan suatu fraksi dari agar-agar yang merupakan polimer netral dan sedikit mengandung sulfat. Agarosa dikenal sebagai fraksi pembentuk gel dari agar-agar, dimana sifat-sifat gel yang dihasilkannya mendekati sifat-sifat gel ideal untuk keperluan bidang bioteknologi. Elektroforesis gel agarose adalah metode pemisahan molekul DNA dan RNA menurut muatan, ukuran dan bentuk. Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya secara akurat, dibanding dengan densitas gradient sentrifugasi. Saat arus listrik diaplikasikan pada gel, molekul bermuatan negatif akan berpindah menuju elektroda positif dan molekul bermuatan positif akan menuju elektroda bermuatan negatif. Elektroforesis gel agarose dapat dipakai secara efektif untuk mendeteksi dan mempersiapkan karakterisasi plasmid DNA yang muncul pada isolasi klinis dan pewarnaan laboratoris dari mikroorganisme gram negatif.
                Elektroforesis adalah suatu cara analisis  kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Pemisahan dilakukan berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung oleh makro-molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen komponen protein tersebut akan mulai teknik elektroforesis dapat dibedakan  menjadi dua cara, yaitu : elektroforesis larutan  (moving boundary electrophoresis) dan elektroforesis daerah (zone electrophoresis).